至于奥伦治城南方地盘的清扫任务，则是交给了刚刚被运输船送到的海军陆战队一团。三千多名陆战队员将在大员岛南方进行一系列的实战和训练，并寻找合适的地方建立新的陆战队驻地。

与此同时，徐宁则率领剩余的队伍和随陆战队一块乘船到来的三千多名流民一起，在原奥伦治城的遗址上重新建造一座坚固的要塞，并着手兴建一个军民两用的港口。

而水师的庞令武则是在留下一些战舰，组建了驻大员岛水师分舰队后，便带着主力启程返回山东，大战一场的他心中充满了对此海战的满足和对以后战斗的期待。

同日，一份由京城发出的“海捕文书”也是传递到了大明诸省大大小小的衙门，被冠以勾结倭寇、劫掠乡里、割据明土外岛、串通外夷谋反等罪名的郑芝龙和一众十八芝的弟兄均是榜上有名。当提前知道自己被通缉后，刚逃到福建躲着喘口气的郑芝龙立马处理掉自己名下的田产和铺子。在海捕文书到达当地的前一刻，用金银美色贿赂了当地官员，买到了大量官制武器和粮食的郑芝龙便带着手下登船跑路，直奔苏门答腊岛，郑某人打算依靠荷兰人东山再起。

大员岛北方，镇抚王炀正带着近万人的队伍翻山越岭的地毯式扫荡，不管是土着还是逃荒流民，亦是海盗逃匪，都被驱赶到西部的平原地区结寨组村，并临时委任寨长村长管理，且备案设档。至于不听劝的人，嘿嘿，王炀表示，他们已经泯于历史的长河中，自我消失了。

当一队夜不收骑兵给王炀送来了奥伦治城覆灭的消息后，兴奋地镇抚大人当即便把之前俘虏的几十名郑家海盗杀了，说是给大伙助助兴，庆祝大军得胜。据说被杀的这伙海盗不寻常，劫掠当地部落焚烧房屋后，只杀老弱，不杀青壮，很是奇怪。

他们被备倭军抓住后，经受不住拷问的他们开口了，他们是郑家集团的海盗，战败被打散后，找不到组织的他们当起了人贩子，准备抓人卖到内陆赚钱。当王炀把这些人的罪行告诉给了当地山区被劫掠杀戮的部分土着后，土着们很是感谢王炀的帮助，很是配合的主动搬迁到平原居住。

然而，令人费解的是，后来当地人在闲聊时提到，海盗散匪们有组织地火烧劫掠的事件，似乎比官方记载的嘉义之战早了好几天。或许，这有可能是当地人的先祖在岁月的流逝中记错了日子。

天启六年十一月上旬，经过一个多月的艰苦跋涉，备倭军陆战队在一边扫荡敌军、一边训练的情况下，终于将备倭军的军旗牢牢的插在了大员岛最南端的鹅銮鼻土地上。这一刻，海风轻拂，旗帜在阳光下迎风飘扬，向远传宣示着不可动摇的主权。

天启六年十二月中旬，经过近两个月的地毯式扫荡，镇抚王炀与庞英在后世的南投县成功会师。当两位将领目光交汇的那一刻，他们心中不由得涌动着胜利的喜悦与满满的自豪。此时，大员岛上除了备倭军的身影，已再无其他势力的残存，胜利的号角在空中回荡，宣告着备倭军的辉煌胜利，成功收复了这片被外夷和海盗侵占的土地。

当备倭军收复大员岛全岛的消息传回山东后，正在书房里因为被京城的权贵气的差点掀桌子的庞帅高兴地把手从桌子的一角收了回去。