但因为兵少，没有穷追敌人，只把羌人的粮谷和牲畜等财物收为汉军所有。

此战，马援身先士卒，飞箭将其腿肚子都射穿了。刘秀得知后，派人前往慰问，并赐牛羊数千头。马援像往常一样，又把这些都分给了部下。

当时，金城破羌以西，离汉廷道途遥远，又经常发生变乱，不好治理。

朝廷大臣商议，要把该地区舍弃，马援持不同意见，他提出了三条理由：第一，破羌以西的城堡都还完整牢固，适于固守；第二，那地方土地肥沃，灌溉便利；第三，假如舍弃不管，任羌人占据湟中，那么，以后将有无穷的祸患。

刘秀听从了他的意见，命武威太守把从金城迁来的三千多客民全都放回原籍。马援又奏明朝廷，为他们安排官吏，修治城郭．建造工事，开导水利。鼓励人们发展农牧业生产，郡中百姓从此安居乐业。

马援还派羌族豪强杨封说服塞外羌人，让他们与塞内羌族结好，共同开发边疆。

另外，对武都地方背叛公孙述前来归附的氐人，马援以礼相待，奏明朝廷，恢复他们的侯王君长之位，赐给他们印缓，并撤回马成的军队，在建武十三年平定了一场边民叛乱之后，彻底使得陇右安定下来，可是这在马援死后似乎也没什么用，刘秀依然还是听信谗言处罚了他。

永平三年（60年），马援的女儿被立为皇后。

汉明帝在云台图画建武年间的名臣列将，为了避椒房之嫌，单单没画马援。

东平王刘苍观看图像时，问明帝道：“为什么不画伏波将军的像呢？”明帝笑而未答。

直至永平十七年（74年），马援夫人去世，朝廷才为马援聚土为坟，植树为标记，建筑祠堂。

建初二年（78年），汉章帝派五官中郎将持节追加策封，追谥马援为“忠成”。