这些卫所分别是：

杭州前卫、杭州后卫、台州卫、宁波卫、处州卫、绍兴卫、海甯卫、昌国卫、温州卫、临山卫、松门卫、金乡卫、海门卫、定海卫、磐石卫、观海卫。

海宁千户所、衢州千户所、严州千户所、湖州千户所、金华千户所、澉浦千户所，乍浦千户所、三江千户所、定海后千户所、定海中左千户所、定海中中千户所、沥海千户所、三山千户所、大嵩千户所、霩戺千户所、龙山千户所、石浦前千户所、石浦后千户所、爵谿千户所、钱仓千户所、水军千户所、新河千户所、桃渚千户所、健跳千户所、隘顽千户所、楚门千户所、平阳千户所、里安千户所、海安千户所、蒲门千户所、壮士千户所、沙园千户所、蒲岐千户所、宁村千户所、新城千户所。

这些卫所和大明其他的卫所一样，平时为民，战时为兵。

卫所军的战力远不如边军和京军，本来军改的时候，有人提议全部裁撤，但考虑到海防以及这些年越来越繁荣的海上贸易，就暂时留了下来，准备日后改编。

崇祯十二年五月二十日，万余手持鲁密铳携带攻城炮的倭寇，趁着夜色在台州府登陆。台州守将温泉义仓促应战，力战身亡， 3000 台州守军全部战死。台州知府盛仲龙自杀殉城。倭寇入城屠戮百姓，奸淫掳掠无恶不作。

同日，松江府也遭到倭寇一万余人攻击，松江守将郝易曾丢下 5000 守军弃城而逃，松江知府冯文浩献城投降。松江守军在副将松森的带领下进行了顽强的抵抗，但是江南地区的卫所军没有大明最新式的火器，在倭寇的先进火器面前伤亡惨重。最终大部战死，重伤者七百多人被俘，后遭到杀害，七百多守军重伤员的人头被悬挂在松江府城墙上。

倭寇入城后，将所有百姓赶出家门，押解着朝着应天府方向而去。

次日，倭寇继续在沿海地区增兵，至六月初八，登陆倭寇已达 15 万左右，仍然在不断增兵。而此时，由于郑家舰队被荷兰海军和西班牙海军所牵制，修罗营的海军主力远在朝鲜仁川，就算得到消息也很难马上到达战场。所以就给了倭寇不断增兵的时间。

这个时候的日本，正处在一个内部稳定的时期，但是日本人的上岸情结是刻在他们基因里的东西。

于是，在西班牙人安东尼奥找到德川家光的时候，他决定为了大和民族的未来，抓住这个机会和欧洲列强联合起来赌上一把。

在庆长八年（1603年），德川家康在江户，也就是现在的东京，开创了德川幕府，是日本历史上最后一个由武家统治的幕府。

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